4 มีนาคม 2543 วันที่มีการเลือก ตั้งวุฒิสมาชิกเป็นครั้งแรกในประวัติ ศาสตร์ของประเทศไทย
แต่เป็นวันที่ครอบ ครัว "ฮุนตระกูล" ต้องสูญเสียผู้นำ "อากร ฮุนตระกูล" ไปอย่างไม่มีวันกลับ
ด้วยอาการของโรคมะเ ร็งต่อมน้ำเหลือง หลังจากต้องต่อสู้กับโรคร้ายดังกล่าวมากว่า
6 ปี
อากรเริ่มรู้ตัวว่าป่วยเป็นโรคมะเร็งเมื่อกว่า 6 ปีที่แล้ว ซึ่งหลังจากรู้ตัว
ว่าป่วยเป็นโรคดังกล่าว อากรได้ตัดสินใจครั้งสำคัญในชีวิตนักธุรกิจของเขา
ด้วยการขายกิจการโรงแรมในเครืออิมพีเรียล ซึ่งเป็นกิจการเก่าแก่ของตระกูล
ที่เขาเข้ามาบุกเบิกตั้งแต่ปี 2516 ให้กับเจริญ สิริวัฒนภักดี เมื่อกลางปี
2537
โรงแรม ที่ขายออกไป ประกอบด้วยโรงแรมนิวอิมพีเรียลควีนส์ปาร์ค โรงแรมอิมพาล่า
โรงแรมอิมพีเรียลธารา โรงแรมอิมพีเรียลสมุย โรงแรมธาราแม่ฮ่องสอน โรงแรมเรือ
และบ้านสมุย และโรงแรมลำปางธานี
ผลจากการขายกิจการครั้งนี้ อากรสามารถล้างหนี้สิน ที่มีอยู่เกือบ 5,900
ล้านบาท จากการลงทุนสร้างโรงแรมอิมพีเรียลควีนส์ปาร์ค ที่ปากซอย สุขุมวิท
24 ในช่วงก่อนหน้านี้ลงได้ทั้งหมด และยังเหลือเงินสดอีก 2,310 ล้านบาท การก่อสร้างโรงแรมอิมพีเรียล
ควีนส์ปาร์ค นับว่าสร้างปัญหาให้กับ อากรมากพอควร เพราะระหว่างการก่อสร้าง
เกิดสถานการณ์ ที่เข้ามาเป็นอุปสรรคกับการท่องเที่ยวในประเทศไทยโดยตลอด ไม่ว่าจะเป็นสงครามอ่าวเปอร์เซียในปี
2533 การรัฐประหารโดยคณะรสช.เมื่อปี 2534 ต่อเนื่องไปถึงเหตุการณ์พฤษภาทมิฬในปี
2535 ส่งผลให้การก่อสร้างล่าช้า และเพิ่มภาระหนี้สินให้กับอากร
เขาเคยกล่าวกับ "ผู้จัดการ" เอาไว้เมื่อต้นปี 2541 ว่าการขายกิจการโรงแรมออกไปในปี
2537 ถือว่าเขาโชคดีเพราะทำให้เขายังมีเงินสดเหลืออยู่ ไม่เหมือนนักธุรกิจคนอื่นๆ
ที่ต้องเข้ามาแบกรับภาระหนี้สิน ที่เพิ่มขึ้นอย่างล้นพ้นตัว หลังได้รับผลกระทบจากการประกาศลอยตัวค่าเงินบาท
เมื่อกลางปี 2540
หลังขายกิจการ อากรไปใช้ชีวิตเงียบๆ สบายๆ โดยดูแลธุรกิจเล็กๆ ที่ ยังเหลือไว้
คือ โรงแรมบ้านท้องทราย บนเกาะสมุย โรงแรมซิตี้อินน์ และโรงแรมจิมส์ลอดจ์
แต่ส่วนใหญ่แล้ว เขาจะมอบหมายให้ธนกร ฮุนตระกูล ลูกชายคนเดียวของเขา ที่เพิ่งจบการศึกษาจากอังกฤษเมื่อ
3ปีที่ผ่านมา เป็นผู้บริหารหลัก ตัวเขาเองใช้ชีวิตส่วนใหญ่อยู่กับการพักผ่อน
และเดินทางไปต่างประเทศ ตลอดจนการรักษาตัวจากโรคร้าย ซึ่งครั้งหนึ่งเขาเคยหายจากการเป็นโรคมะเร็ง
ที่กระเพาะปัสสาวะมาแล้ว แต่ก็ต้องมาพบกับมะเร็งต่อมน้ำเหลือง เพิ่มขึ้นมาอีก
อากรเริ่มมีอาการหนักขึ้น ตั้งแต่เมื่อต้นปีที่ผ่านมา ซึ่งเขาต้องเข้ามานอนรักษาตัวอยู่ในโรงพยาบาลบำรุง
ราษฎร์โดยตลอด และบางครั้งอาการก็ รุนแรงขึ้นถึงกับต้องนำส่งเข้าห้องไอซียู
แต่สภาพจิตใจนั้น ยังคงดีอยู่ไม่ได้มีความหวาดหวั่นต่อความรุนแรงของโรคร้ายแต่อย่างใด
อากรเสียชีวิตลงอย่างสงบเมื่อเวลา 10.21 น.
อนงค์ ฮุนตระกูล น้องสาวของอากรกล่าวว่า ก่อนเสียชีวิตอากรไม่มีความเป็นห่วงในธุรกิจ
เพราะได้จัดการทุกอย่างไว้หมดแล้ว