เนคเทค จัดตั้งขึ้นตามพระราชบัญญัติพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี พ.ศ.2534
ที่จัดทำขึ้นเนื่องจากรัฐบาลต้องการนำวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีมาพัฒนาประเทศ
จึงต้องเพิ่มสมรรถนะทางด้านนี้มากขึ้น การระดมทุนและการบริหารทุนเพื่อดำเนินกิจการต่างๆ
ทางด้านนี้ จำเป็นต้องใช้ความชำนาญการพิเศษ ไม่สามารถใช้องค์กรที่มีอยู่แล้ว
จำเป็นต้องมีองค์กรที่มีความเป็นอิสระและความคล่องตัวสูง
โดยได้มีการจัดตั้งองค์กรขึ้น เรียกว่าสำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ
(สวทช.) ซึ่งจะมีหน่วยงานที่อยู่ภายใต้การดูแลของ สวทช. 3 หน่วยงานประกอบไปด้วย
เนคเทค, ศูนย์พันธุวิศวกรรมและเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติ เรียกสั้นๆ ว่า ไบโอเทค
และศูนย์เทคโนโลยีโลหะและวัสดุแห่งชาติ หรือ เอ็มเทค
ทั้ง 3 ศูนย์นี้มีอิสระในการบริหารงานที่แตกต่างจากระบบราชการทั่วไป เพื่อให้มีความคล่องตัวสูง
ไม่ว่าจะเป็นขั้นตอนการดำเนินงาน การคัดเลือกบุคลากรเงินเดือน สวัสดิการต่างๆ
จะมีความคล่องตัวไม่แพ้กับเอกชน
จะเห็นได้ว่า เนคเทคเป็นองค์กรหนึ่ง ที่ได้ชื่อว่าเป็นแหล่งรวมนักวิชาการระดับมันสมอง
ที่พ่วงดีกรีระดับดอกเตอร์ และพบว่ามีเจ้าหน้าที่ระดับจบปริญญาโทมากที่สุดแห่งหนึ่ง
แต่ 3 ศูนย์นี้จะอยู่ภายใต้การกำกับดูแลของคณะกรรมการพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ
(กวทช.) โดย กวทช. จะทำหน้าที่กำหนดนโยบาย บริหารกองทุนเพื่อการพัฒนาวิทยาศาสตร์และและเทคโนโลยี
วางมาตรการต่างๆ และยังมีหน้าที่อนุมัติแผนการเงิน และงบประมาณประจำปีของสำนักงาน
คณะกรรมการ กวทช. นั้นจะมีรัฐมนตรีว่าการกระทรวงวิทย์ เป็นประธาน และปลัดกระทรวงวิทยาศาสตร์ฯ
เป็นรองประธานกรรมการ และผู้ทรงคุณวุฒิ ซึ่งคณะรัฐมนตรีแต่งตั้งขึ้นเป็นกรรมการไม่เกิน
22 คน โดยให้แต่งตั้งจากหน่วยงานรัฐที่เกี่ยวข้องกับผู้ซึ่งมิใช่ข้าราชการฝ่ายละเท่าๆ
กัน และให้ผู้อำนวยการเป็นกรรมการและเลขานุการ
ที่แล้วมา ทั้งศูนย์ไบโอเทค เอ็มเทค และเนคเทคต่างก็รับผิดชอบงานของตัวเอง
แต่เนื่องจากนโยบายของภาครัฐให้ความสำคัญต่อการนำไอทีไปใช้ในการพัฒนาประเทศ
มีการผลักดันให้นำระบบไอทีไปใช้ในหน่วยงานราชการต่างๆ รวมทั้งโครงการขนาดใหญ่
จึงทำให้บทบาทของเนคเทคค่อนข้างโดดเด่นมากเมื่อเทียบกับอีก 2 ศูนย์
ขอบเขตอำนาจหน้าที่ของเนคเทค ที่ระบุไว้ใน พ.ร.บ.พัฒนาวิทยาศาสตร์นั้นมีขอบข่ายงานที่กว้างมาก
นอกเหนือจากการให้ทุนวิจัยและพัฒนาทางด้านวิศวกรรม ซึ่งมีทั้งที่เนคเทควิจัยและพัฒนาขึ้นเอง
และให้ทุนวิจัยกับสถาบันการศึกษาและเอกชนอื่นๆ ยังทำหน้าที่การให้บริการทางด้านเทคโนโลยี
เช่น ให้บริการคอมพิวเตอร์สมรรถนะสูง ทำห้องสมุดสารสนเทศ ให้บริการอินเตอร์เน็ตแก่คณะรัฐมนตรี
รวมไปถึงการจัดฝึกอบรมด้านไอทีด้วย ที่ให้บริการได้กับทั้งภาครัฐและเอกชนทั่วไป
นอกจากนี้ ในมาตรา 12(5) ของ พ.ร.บ.พัฒนาวิทยาศาสตร์ ระบุไว้ว่า เนคเทค
และอีก 2 ศูนย์นี้สามารถเข้าร่วมกิจการกับบุคคลอื่น หรือถือหุ้นในบริษัท
จำกัด เพื่อประโยชน์แก่การพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี
นั่นก็หมายถึงว่า เนคเทคสามารถไปร่วมทุนกับเอกชน หรือหน่วยงานรัฐ เพื่อจัดตั้งบริษัทร่วมทุนที่ทำธุรกิจทางด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี
ซึ่งที่ผ่านมาเนคเทคร่วมลงทุนกับการสื่อสารแห่งประเทศไทย (กสท.) และองค์การโทรศัพท์แห่งประเทศไทย
(ทศท.) จัดตั้งบริษัทอินเตอร์เน็ต ประเทศไทย เพื่อให้บริการอินเตอร์เน็ต
และยังร่วมลงทุนในบริษัทเทรดสยาม เพื่อให้บริการอีดีไอ หรือการแลกเปลี่ยนข้อมูลทางการค้าด้วยสื่ออิเล็กทรอนิกส์
เรียกว่า ทำทั้งงานทางด้านวิชาการ บริการสังคม และในเชิงเศรษฐกิจ
นอกจากงานด้านปฏิบัติการที่เป็นหน้าที่หลักแล้ว เนคเทคยังเข้าไปมีส่วนในระดับของนโยบายทางด้านไอทีของชาติ
โดยได้รับมอบหมายให้เป็น สำนักงานเลขานุการคณะกรรมการเทคโนโลยีสารสนเทศแห่งชาติ
(NITC) อันเป็นที่มาของโครงการขนาดใหญ่ อย่าง GINET, ซอฟต์แวร์ปาร์ค และสคูลเน็ท
ที่เนคเทคเป็นผู้ผลักดันโครงการทั้งสามนี้ผ่านไปยัง NITC เนื่องจากเป็นส่วนหนึ่งของการสร้างโครงสร้างพื้นฐานทางวิทยาศาสตร์
และเทคโนโลยี ซึ่งระบุให้เป็นหน้าที่ของเนคเทคโดยตรง
ทางด้านงบประมาณที่ใช้ในการดำเนินงาน จะมีเงินที่มาจากกองทุนเพื่อการพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี
ซึ่งเสินกองทุนนี้ จะประกอบไปด้วย เงินทุนที่รัฐบาลจัดสรรให้จากงบประมาณแผ่นดินประจำปี
เงินอุดหนุนจากต่างประเทศเงินหรือทรัพย์สินที่มีผู้มอบให้เพื่อสมทบกองทุน
และดอกผลหรือรายได้ของกองทุน รวมทั้งผลประโยชน์จากทรัพย์สินทางปัญญาและค่าตอบแทนการใช้หรือการโอนสิทธิบัตร
นอกจากนี้ หากมีโครงการพิเศษที่ต้องใช้เงินจำนวนมากก็สามารถยื่นขอไปยังสำนักงบประมาณ
โดยผ่านการพิจารณาจาก ครม.อีกครั้งหนึ่งได้ด้วย
แม้เวลานี้เนคเทคจะยังไม่มีโครงการระดับหมื่นล้านเหมือนกับองค์การโทรศัพท์ฯ
หรือ การสื่อสารฯ มีแต่โครงการระดับพันล้าน หรือร้อยล้าน แต่ในภาวะเช่นนี้องค์กรอย่างเนคเทคก็กลายเป็นสาวเนื้อหอมขึ้นมาทันตา
และยิ่งไอทีมีบทบาทต่อการพัฒนาประเทศ และทวีความสำคัญขึ้นเรื่อยๆ เนคเทคคงจะถูกรุมตอมไม่แพ้
2 องค์กรนี้