6 พฤศจิกายน 2544 อาจเป็นวันที่นิพัทธ พุกกะณะสุต มีความรู้สึกเหมือนได้ยกภูเขาที่ทับอยู่มานานออกจากอก
เพราะพนักงานอัยการพิเศษ ฝ่ายคดีอาญา 4 สำนักงานอัยการสูงสุด ได้มีคำสั่งเด็ดขาดไม่ฟ้องเขา
ภายหลังจากส่วนปราบปรามการทุจริตและประพฤติมิชอบในวงราชการ สำนักงานตำรวจแห่งชาติ
ได้ส่งสำนวนสอบสวนความอาญามาเพื่อขอความเห็น
นิพัทธถูกกล่าวหาจากรัฐบาลที่แล้ว ซึ่งมีชวน หลีกภัย เป็นนายกรัฐมนตรี
และมีธารินทร์ นิมมานเหมินท์ เป็นรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลัง ว่าปฏิบัติหน้าที่โดยมิชอบ
ทุจริต และกระทำผิดวินัย ขณะดำรงตำแหน่งอธิบดีกรมธนารักษ์ โดยเรียกรับสินบน
30 ล้านบาทจากบริษัทซันเอสเตท ผู้ชนะการประมูลโครงการพัฒนา ที่ดินราชพัสดุตลาดหมอชิตมูลค่า
17,000 ล้านบาท เมื่อปี 2538
ธารินทร์ได้มีคำสั่งให้เขาออกจากราชการ เมื่อวันที่ 10 พฤษภาคม 2543 ขณะที่ดำรงตำแหน่งเป็นรองปลัดกระทรวง
หลังถูกให้ออกจากราชการ นิพัทธได้พยายามแสดงความบริสุทธิ์ออกมาตลอดว่า
โครงการพัฒนาที่ราชพัสดุหมอชิตได้ดำเนิน การถูกต้องตาม พ.ร.บ.ว่าด้วยการให้เอกชนเข้าร่วมงานหรือดำเนินการในกิจการของรัฐ
พ.ศ.2535 ซึ่งสำนักงานคณะกรรมการพัฒนา การเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติสามารถยืนยันความถูกต้องได้
และ ข้อพิสูจน์สำหรับเรื่องนี้คือ การที่รถไฟฟ้าของบริษัทระบบขนส่งมวลชนกรุงเทพ
จำกัด หรือรถไฟฟ้าธนายงสามารถวิ่งให้บริการได้ แต่กลับไม่มีใครฟัง
สำหรับเหตุผลที่อัยการสูงสุดสรุปความเห็นออกมาในครั้งนี้ว่าไม่ฟ้องนิพัทธ
เนื่องจากเห็นว่าคดีนี้หลักฐานไม่เพียงพอ ซึ่งสอด คล้องกับความเห็นของสำนักงานตำรวจแห่งชาติที่เห็นว่าควรสั่งไม่ฟ้องมาแล้วก่อนหน้านี้เช่นกัน
ภายหลังทราบความเห็นของอัยการสูงสุด นิพัทธได้ยื่นเรื่องอุทธรณ์ต่อสำนักงานข้าราชการพลเรือน
(ก.พ.) และหากเขาชนะ เขาจะได้กลับเข้ามารับราชการอีกครั้ง พร้อมทั้งได้รับเงินชดเชยในส่วนที่ถูกให้ออกจากราชการไปในช่วงที่มีคดีความ
อีกไม่นานนัก กระทรวงการคลังอาจมีตำแหน่งรองปลัดกระทรวงเพิ่มขึ้นมาอีก
1 คน จากการกลับเข้ารับราชการอีกครั้งของนิพัทธ พุกกะณะสุต หลังจากพ้นมลทิน