ศัพท์คำว่า "ข้าวอินทรีย์" เพิ่งเกิดขึ้นในช่วง พ.ศ.2535 โดย กรมวิชาการเกษตร ร่วมกับบริษัทนครหลวงค้าข้าว และ บริษัทไชยวิวัฒน์อุตสาหกรรมอาหาร ที่มีโครงการวิจัยข้าวออร์แกนิกส์ ต้องการหาชื่อ ที่เป็นไทยมาใช้แทน Organic Rice

แรกทีเดียวมีการเสนอคำว่า "ข้าวปลอดสารพิษ" และข้าวอนามัย ซึ่งได้รับการโต้แย้งจากฝ่ายราชการว่า หากใช้คำว่าข้าวปลอดสารเท่ากับยอมรับว่า ผลผลิตข้าวส่วนอื่นๆ ของประเทศไทยมีสารพิษเจือปน ในที่สุดมาลงตัว ที่คำว่า "ข้าวอินทรีย์"

ข้าวอินทรีย์ เป็นผลผลิต ที่มาจากการผลิตแบบอินทรีย์ (Organic farming หรือ Organic argriculture) เป็นการผลิต ที่หลีกเลี่ยงการใช้สารเคมีทุกชนิด หรือสารสังเคราะห์ต่างๆ รวมไปถึงปุ๋ยเคมี และยาปราบศัตรูพืช ในทุกขั้นตอนการผลิตเน้นการใช้สารอินทรีย์จากธรรมชาติ

การเตรียมการเริ่มจากการเตรียมพื้นที่ ต้องหาโซนการผลิต ที่มีน้ำฝนอุดมสมบูรณ์ มีการใช้สารเคมี และยาปราบศัตรูพืชน้อยมากมาก่อน การเตรียมดิน ทุกฤดูการผลิตต้องใช้ปุ๋ยจากธรรมชาติ สภาพแวดล้อมของพื้นที่ และพื้นที่ข้างเคียงต้องปลอดจากสารเคมีด้วย

หากมีความจำเป็นในการปราบศัตรูพืช ต้องเป็นสารอินทรีย์ ที่อยู่ในบัญชีรายชื่อสารรับอนุญาต ทั้งนี้ต้องไม่มีสารปนเปื้อนตกค้างในผลผลิต ในดิน น้ำ

ปัจจุบัน ผู้บริโภคส่วนหนึ่ง ที่สับสนว่า ข้าวอินทรีย์ อยู่ในกลุ่มเดียวกับ ข้าวปลอดสารพิษ หรือศัพท์เรียกชื่อชนิดอื่นๆ แต่แท้จริงแล้วมาตรฐานการผลิตประเภท Organic farming

ถึงแม้ว่าข้าวหรือผลผลิต ที่ใช้สารเคมีในปริมาณน้อยจนไม่สามารถตรวจพบ หรือน้อยกว่าค่ามาตรฐานก็ตาม แต่ก็ไม่สามารถจัดอยู่ในกลุ่ม Organic Product ได้

มาตรฐานของผลผลิตเกษตรอินทรีย์ ปัจจุบันถูกกำหนดโดย FAO/WHO (Codex) เรียกว่า ค่ามาตรฐาน MRL ซึ่งการส่งออกของไทยเข้าไปยังประเทศในกลุ่มสหภาพยุโรป จะต้องผ่านบริษัทตรวจสอบมาตรฐาน เพื่อรับรองคุณภาพเสียก่อน คล้ายคลึงกับมาตรฐานอุตสาหกรรม ISO

ถึงแม้ว่า การปลูกข้าวแทบทั้งหมดในประเทศไทยไม่ได้ควบคุมสารเคมี และปุ๋ยอย่างจริงจัง จนกล่าวได้ว่า พื้นนาจำนวนมากเวลานี้มีการสั่งสมของสารเคมี และการสูญสภาพของดินไปแล้วจำนวนหนึ่ง แต่ กรมวิชาการเกษตรยังมองว่า หากมีนโยบายปรับเปลี่ยนพื้นที่นาปกติมาเป็นนาข้าวอินทรีย์ ก็ยังคงมีความเป็นไปได้

โดยระบุว่า เกษตรกรไทยในพื้นที่นาน้ำฝน เขตภาคเหนือ และตะวันออกเฉียงเหนือทำนาปีละเพียงหนึ่งครั้ง ทำให้รักษาสภาพแวดล้อมได้ด้วยตัวเองดีระดับหนึ่ง ถือเป็นพื้นที่สำหรับเปลี่ยนมาสู่กระบวนการผลิตแบบชีวภาพได้ง่าย แต่ทั้งเกษตรกร และผู้เกี่ยวข้องทั้งหมดจะต้องมีความรู้ความเข้าใจเล็งเห็นความสำคัญ และความยั่งยืนระยะยาวของระบบใหม่นี้

นอกเหนือจากพื้นที่ 3 อำเภอในภาคเหนือตอนบน ซึ่งเข้าสู่การผลิต เพื่อส่งออกได้รับรองมาตรฐาน จากสหภาพยุโรปแล้ว ปัจจุบันประเทศไทยยังมีพื้นที่ผลิตข้าวอินทรีย์ เพื่อจำหน่ายทั่วไปในพื้นที่ภาคอีสาน โดยเป็นการสนับสนุนจากองค์กรพัฒนาเอกชน (NGOs)