บริษัทการแพทย์สยาม ในฐานะผู้บริหารโรงพยาบาลสยามได้มอบหมายให้สำนักงานทนายความคนึง-ปรก แอสโซซิเอทเป็นผู้ดำเนินการฟ้องเรียกค่าเสียหายจากสำนักงานคณะกรรมการส่งเสริมการลงทุน (บีโอไอ) เป็นเงิน 100 ล้านบาท

จากกรณีที่บีโอไอ. มีมติระงับการนำเข้าเครื่องคอมพิวเตอร์ตรวจหลอดเลือดระบบ 3 มิติ ทั้ง ๆ ที่ทางบีโอไอได้มีหนังสือถึงอธิบดีกรมศุลกากรเมื่อวันที่ 9 กรกฎาคมที่ผ่านมาเรื่องอนุมัติและให้สั่งปล่อยเครื่องคอมพิวเตอร์ตรวจหลอดเลือดระบบ 3 มิติที่ได้รับการยกเว้นอากรขาเข้าและภาษีการค้าของบริษัทการแพทย์สยาม จำกัด

แต่เมื่อทางโรงพยาบาลสยามส่งเจ้าหน้าที่ไปรับสินค้า ทางเจ้าหน้าที่กรมศุลกากรกลับปฏิเสธโดยอ้างว่า ทางบีโอไอ. สั่งระงับการส่งของไว้ก่อน และได้มีหนังสือถึงอธิบดีกรมศุลกากรเมื่อวันที่ 15 กรกฎาคมเรื่องไม่อนุมัติให้ยกเว้นภาษีอากรเครื่องจักรของบริษัทการแพทย์สยามจากมตินี้ ทำให้ทางโรงพยาบาลได้รับความเสียหายมาก เพราะในมติอนุมัติก่อนหน้านี้ ได้กำหนดให้โรงพยาบาลขยายเตียงถ้านำเครื่องคอมพิวเตอร์เข้ามา ซึ่งทางโรงพยาบาลก็ได้ขยายจาก 150 เตียงเป็น 200 เตียง สร้างตึก 6 ชั้นเพิ่มขึ้นอีก 1 หลัง สั่งซื้อรถพยาบาลและเครื่องตรวจหัวใจเครื่องมืออุปกรณ์การแพทย์อีกหลายรายการตามที่ทางบีโอไอ. กำหนดไว้ในการอนุมัติให้มีการส่งเสริม และยังเสียค่าใช้จายในการรับบุคลากรเพิ่มและค่าโฆษณาอีกด้วยทำให้ทางโรงพยาบาลต้องกู้เงินมาลงทุนเกือบ 100 ล้านบาท ซึ่งเมื่อมีมติให้ระงับการนำเข้า ทำให้โรงพยาบาลเสียหายมากแต่เมื่อวันที่ 19 กรกฎาคม

จักก์ชัย พาณิชพัฒน์ ผู้ช่วยเลขาธิการบีโอไอ. ได้มาพบเพื่อขอข้อมูลเครื่องตรวจเลือดว่าเป็นเครื่องคอมพิวเตอร์ชนิดใด ซึ่งได้มีการทำความเข้าใจและตกลงกันเป็นที่เรียบร้อยแล้ว ในวันที่ 20 บีโอไอ. จึงได้ดำเนินการให้กรมศุลกากรอนุญาตให้นำเครื่องตรวจเลือดอออกได้ ทางโรงพยาบาลสยามจึงยุติการฟ้องร้องเรียกค่าเสียหาย