เป็นโรงเรียนชายแห่งแรกของจังหวัดเชียงใหม่ ก่อตั้งขึ้นโดยกลุ่มมิชชันนารี คณะเพรสไบทีเรียน จากสหรัฐอเมริกา ในปี พ.ศ.2430 ที่หมู่บ้านวังสิงห์คำ (เหนือที่ทำการเทศบาลนครเชียงใหม่ปัจจุบัน) จึงได้ชื่อตอนแรกว่า โรงเรียนชายวังสิงห์คำ โดยมีครูเพียง 4 คน

พ.ศ.2448 ได้ซื้อที่นาพื้นที่ 20 ไร่ บริเวณฝั่งตะวันออกของแม่น้ำปิง ต่อจากบริษัทของอังกฤษ และเริ่มก่อสร้างอาคาร และบ้านพักครูขึ้นในบริเวณนี้

วันที่ 2 มกราคม 2449 พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 6 ซึ่งขณะนั้นยังทรงดำรงฐานะเป็นสมเด็จพระยุพราช ได้เสด็จเยือนมลฑลพายัพ และได้เสด็จพระราชดำเนินวางศิลารากอาคารบัทเลอร์ ซึ่งเป็นอาคารเรียนหลังแรกของโรงเรียน และพระราชทานนามให้กับโรงเรียนใหม่ เป็นปรินส์ รอยแยล วิทยาลัย และพระราชทานสีประจำพระองค์ คือ สีน้ำเงิน-ขาว ให้เป็นสีประจำโรงเรียน ดังนั้นโรงเรียนจึงถือให้วันที่ 2 มกราคมของทุกปี เป็นวันกำเนิดของโรงเรียน

ปัจจุบัน โรงเรียนปรินส์ รอยแยล ได้ขยายพื้นที่โรงเรียนออกไปเป็น 90 ไร่ โดยมีมูลนิธิแห่งสภาคริสตจักรในประเทศไทย เป็นเจ้าของ มีโรงเรียนในเครือเดียวกันคือโรงเรียนวัฒนาวิทยาลัย และกรุงเทพคริสเตียน เปิดการสอนตั้งแต่ระดับชั้นอนุบาลปีที่ 3 ถึงมัธยมศึกษาปีที่ 6 และเปลี่ยนจากโรงเรียนชายล้วน เป็นโรงเรียนสหศึกษา

นอกจาก น.พ.เกษม วัฒนชัย แล้ว ศิษย์เก่าของโรงเรียนแห่งนี้ที่เป็นผู้มีชื่อเสียง ยังมีโอฬาร ไชยประวัติ, อนันต์ ลี้ตระกูล, ดนัย เลียวสวัสดิพงษ์, ราชันย์ วีระพันธุ์ฯลฯ