เนคเทค จัดตั้งขึ้นตามพระราชบัญญัติพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี พ.ศ.2534 ที่จัดทำขึ้นเนื่องจากรัฐบาลต้องการนำวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีมาพัฒนาประเทศ จึงต้องเพิ่มสมรรถนะทางด้านนี้มากขึ้น การระดมทุนและการบริหารทุนเพื่อดำเนินกิจการต่างๆ ทางด้านนี้ จำเป็นต้องใช้ความชำนาญการพิเศษ ไม่สามารถใช้องค์กรที่มีอยู่แล้ว จำเป็นต้องมีองค์กรที่มีความเป็นอิสระและความคล่องตัวสูง

โดยได้มีการจัดตั้งองค์กรขึ้น เรียกว่าสำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ (สวทช.) ซึ่งจะมีหน่วยงานที่อยู่ภายใต้การดูแลของ สวทช. 3 หน่วยงานประกอบไปด้วย เนคเทค, ศูนย์พันธุวิศวกรรมและเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติ เรียกสั้นๆ ว่า ไบโอเทค และศูนย์เทคโนโลยีโลหะและวัสดุแห่งชาติ หรือ เอ็มเทค

ทั้ง 3 ศูนย์นี้มีอิสระในการบริหารงานที่แตกต่างจากระบบราชการทั่วไป เพื่อให้มีความคล่องตัวสูง ไม่ว่าจะเป็นขั้นตอนการดำเนินงาน การคัดเลือกบุคลากรเงินเดือน สวัสดิการต่างๆ จะมีความคล่องตัวไม่แพ้กับเอกชน

จะเห็นได้ว่า เนคเทคเป็นองค์กรหนึ่ง ที่ได้ชื่อว่าเป็นแหล่งรวมนักวิชาการระดับมันสมอง ที่พ่วงดีกรีระดับดอกเตอร์ และพบว่ามีเจ้าหน้าที่ระดับจบปริญญาโทมากที่สุดแห่งหนึ่ง

แต่ 3 ศูนย์นี้จะอยู่ภายใต้การกำกับดูแลของคณะกรรมการพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ (กวทช.) โดย กวทช. จะทำหน้าที่กำหนดนโยบาย บริหารกองทุนเพื่อการพัฒนาวิทยาศาสตร์และและเทคโนโลยี วางมาตรการต่างๆ และยังมีหน้าที่อนุมัติแผนการเงิน และงบประมาณประจำปีของสำนักงาน

คณะกรรมการ กวทช. นั้นจะมีรัฐมนตรีว่าการกระทรวงวิทย์ เป็นประธาน และปลัดกระทรวงวิทยาศาสตร์ฯ เป็นรองประธานกรรมการ และผู้ทรงคุณวุฒิ ซึ่งคณะรัฐมนตรีแต่งตั้งขึ้นเป็นกรรมการไม่เกิน 22 คน โดยให้แต่งตั้งจากหน่วยงานรัฐที่เกี่ยวข้องกับผู้ซึ่งมิใช่ข้าราชการฝ่ายละเท่าๆ กัน และให้ผู้อำนวยการเป็นกรรมการและเลขานุการ

ที่แล้วมา ทั้งศูนย์ไบโอเทค เอ็มเทค และเนคเทคต่างก็รับผิดชอบงานของตัวเอง แต่เนื่องจากนโยบายของภาครัฐให้ความสำคัญต่อการนำไอทีไปใช้ในการพัฒนาประเทศ มีการผลักดันให้นำระบบไอทีไปใช้ในหน่วยงานราชการต่างๆ รวมทั้งโครงการขนาดใหญ่ จึงทำให้บทบาทของเนคเทคค่อนข้างโดดเด่นมากเมื่อเทียบกับอีก 2 ศูนย์

ขอบเขตอำนาจหน้าที่ของเนคเทค ที่ระบุไว้ใน พ.ร.บ.พัฒนาวิทยาศาสตร์นั้นมีขอบข่ายงานที่กว้างมาก นอกเหนือจากการให้ทุนวิจัยและพัฒนาทางด้านวิศวกรรม ซึ่งมีทั้งที่เนคเทควิจัยและพัฒนาขึ้นเอง และให้ทุนวิจัยกับสถาบันการศึกษาและเอกชนอื่นๆ ยังทำหน้าที่การให้บริการทางด้านเทคโนโลยี เช่น ให้บริการคอมพิวเตอร์สมรรถนะสูง ทำห้องสมุดสารสนเทศ ให้บริการอินเตอร์เน็ตแก่คณะรัฐมนตรี รวมไปถึงการจัดฝึกอบรมด้านไอทีด้วย ที่ให้บริการได้กับทั้งภาครัฐและเอกชนทั่วไป

นอกจากนี้ ในมาตรา 12(5) ของ พ.ร.บ.พัฒนาวิทยาศาสตร์ ระบุไว้ว่า เนคเทค และอีก 2 ศูนย์นี้สามารถเข้าร่วมกิจการกับบุคคลอื่น หรือถือหุ้นในบริษัท จำกัด เพื่อประโยชน์แก่การพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี

นั่นก็หมายถึงว่า เนคเทคสามารถไปร่วมทุนกับเอกชน หรือหน่วยงานรัฐ เพื่อจัดตั้งบริษัทร่วมทุนที่ทำธุรกิจทางด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ซึ่งที่ผ่านมาเนคเทคร่วมลงทุนกับการสื่อสารแห่งประเทศไทย (กสท.) และองค์การโทรศัพท์แห่งประเทศไทย (ทศท.) จัดตั้งบริษัทอินเตอร์เน็ต ประเทศไทย เพื่อให้บริการอินเตอร์เน็ต และยังร่วมลงทุนในบริษัทเทรดสยาม เพื่อให้บริการอีดีไอ หรือการแลกเปลี่ยนข้อมูลทางการค้าด้วยสื่ออิเล็กทรอนิกส์

เรียกว่า ทำทั้งงานทางด้านวิชาการ บริการสังคม และในเชิงเศรษฐกิจ

นอกจากงานด้านปฏิบัติการที่เป็นหน้าที่หลักแล้ว เนคเทคยังเข้าไปมีส่วนในระดับของนโยบายทางด้านไอทีของชาติ โดยได้รับมอบหมายให้เป็น สำนักงานเลขานุการคณะกรรมการเทคโนโลยีสารสนเทศแห่งชาติ (NITC) อันเป็นที่มาของโครงการขนาดใหญ่ อย่าง GINET, ซอฟต์แวร์ปาร์ค และสคูลเน็ท ที่เนคเทคเป็นผู้ผลักดันโครงการทั้งสามนี้ผ่านไปยัง NITC เนื่องจากเป็นส่วนหนึ่งของการสร้างโครงสร้างพื้นฐานทางวิทยาศาสตร์ และเทคโนโลยี ซึ่งระบุให้เป็นหน้าที่ของเนคเทคโดยตรง

ทางด้านงบประมาณที่ใช้ในการดำเนินงาน จะมีเงินที่มาจากกองทุนเพื่อการพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ซึ่งเสินกองทุนนี้ จะประกอบไปด้วย เงินทุนที่รัฐบาลจัดสรรให้จากงบประมาณแผ่นดินประจำปี เงินอุดหนุนจากต่างประเทศเงินหรือทรัพย์สินที่มีผู้มอบให้เพื่อสมทบกองทุน และดอกผลหรือรายได้ของกองทุน รวมทั้งผลประโยชน์จากทรัพย์สินทางปัญญาและค่าตอบแทนการใช้หรือการโอนสิทธิบัตร

นอกจากนี้ หากมีโครงการพิเศษที่ต้องใช้เงินจำนวนมากก็สามารถยื่นขอไปยังสำนักงบประมาณ โดยผ่านการพิจารณาจาก ครม.อีกครั้งหนึ่งได้ด้วย

แม้เวลานี้เนคเทคจะยังไม่มีโครงการระดับหมื่นล้านเหมือนกับองค์การโทรศัพท์ฯ หรือ การสื่อสารฯ มีแต่โครงการระดับพันล้าน หรือร้อยล้าน แต่ในภาวะเช่นนี้องค์กรอย่างเนคเทคก็กลายเป็นสาวเนื้อหอมขึ้นมาทันตา

และยิ่งไอทีมีบทบาทต่อการพัฒนาประเทศ และทวีความสำคัญขึ้นเรื่อยๆ เนคเทคคงจะถูกรุมตอมไม่แพ้ 2 องค์กรนี้